Τα ένζυμα, πρωτεϊνες που αποτελούνται από δομικά στοιχεία τα λεγόμενα αμινοξέα, κατηγοριοποιούνται με διαφορετικούς τρόπους και ταξινομούνται σύμφωνα με το τύπο της χημικής αντίδρασης. Παρ` όλα αυτά μπορούμε να τα χωρίσουμε βάση διατροφής και της ενζυμοθεραπείας σε τρεις βασικούς τύπους:

  1. Πρωτεάσες: οι οποίες είναι υπεύθυνες για την διάσπαση των πρωτεϊνών
  2. Λιπάσες: οι οποίες διασπούν τα λίπη
  3. Αμυλάσες: οι οποίες διασπούν τους υδατάνθρακες.